История межъепархиального центра берет свое начало из далёкого 1787 года, когда на базе духовной школы при Белгородском архиерейском доме для обучения детей духовного сословия была организованна семинария. Основателем её является епископ Белоградский и Курский Феоктист (Мочульский). За 14 лет из семинарии вышло более 1000 выпускников разных классов в священнослужители, медицинскую науку, военную, статскую службу, в Харьковский университет при его основании сразу поступило 20 семинаристов. Первым ректором семинарии был игумен Белгородского Никольского монастыря Иустин. В период с 1787 по 1867 год семинарией управляли 13 ректоров. Вторым ректором в 1797 году стал иеромонах Хотмыжского монастыря Досифей, в следующем году - игумен Белгородского Николаевского монастыря Иеракс, затем в 1798 году его сменил протоиерей Иоанн Савченко. Отец Иоанн обладал великолепным проповедническим даром. Более двадцати его проповедей были отпечатаны и изданы как образцовые.
Со дня образования семинарии создаётся её библиотека с фондом до десяти тысяч книг. Много книг было подарено библиотеке частными лицами, а также всеми преосвященными архипастырями епархии. Среди изданий были уникальные экземпляры. На пример, Евангелие, напечатанное по личному указу царя Алексея Михайловича в 1656 году, Евангелие времен императрицы Елизаветы Петровны.
В октябре 1799 г. была отделена вся Слободская Украина, составившая самостоятельную Харьковскую епархию (соответственно был отделён и Харьковский коллегиум). Епархиальным городом становится Курск. Архиереи стали именоваться Курскими и Белгородскими. Семинария, продолжая оставаться в Белгороде, начала называться Курской.
Деятельность семинарии не ограничивалась только духовной сферой. Отечественная война 1812 года показала, что курские семинаристы - патриоты своей страны. В качестве добровольцев в ополчение вступили многие учащиеся Курской семинарии.
В период с 1832 по 1860 годы заметный след в исто рии Курской Духовной семинарии оставили ректоры архимандриты Варлаам, Израиль и Никодим. В 1854-1856 годах было создано историко-статистическое описание Курской епархии и Курской семинарии. Этот труд выполнил преподаватель Матвей Архангельский при содействии ректора семинарии (с 1851 г.) архимандрита Флавиана.
Семинария приносила большую пользу обществу, поставляя и для обширного Курского края, и для всей России не только образованных, трудолюбивых и энергичных пастырей, но и честных деятелей на самых различных поприщах общественного служения. Среди них - известные богословы, публицисты, врачи и даже первый в России переводчик У. Шекспира.
Среди выпускников семинарии митрополит Московский Макарий (Булгаков), архиепископ Черниговский и Неженский Нафанаил (Савченко), архиепископ Тверской и Кашинский Евсевий (Ильинский), епископ Нижегородский и Арзамасский Владимир (Никольский), архиепископ Рязанский и Зарайский Иринарх (Попов), епископ Воронежский Вениамин (Смирнов), епископ Саратовский и Царицынский Евфимий (Беликов) и многие другие.
Курский период в деятельности семинарии начался с 1879 года, в Курск она окончательно переехала в 1883 году. Уровень знаний семинаристов в это время был очень высок. Некоторые из них получали кроме основного образования ещё и смежные.
С 1888 года и до закрытия семинарию возглавлял протоиерей Иаков Новицкий. Одним из важнейших направлений её общественного служения этого времени была просветительская деятельность среди жителей города Курска. С октября 1891 г. от имени и при содействии Епархиального Братства преподобного Феодосия Печерского стали проводиться религиозно-нравственные чтения. Они проходили в трех местах города: в Городском-Семеновском училище, в народном училище в Стрелецкой слободе и в церковно-приходской школе в Ямской слободе. По воскресным и праздничным дням Святой Четыредесятницы на базе семинарии проходили религиозно-нравственные Палестинские чтения.
В конце XIX столетия Курскую духовную семинарию окончили Дмитрий Воскресенский (будущий священномученик Дамиан, архиепископ Курский и Обоянский), Иван Богоявленский (будущий ректор Ленинградской духовной академии и семинарии, затем епископ Таллиннский и Эстонский), Николай Прохоров (будущий архиепископ Ростовский и Пензенский), Владимир Косьмин (ставший во время гражданской войны генералом штаба Дальне-Восточной армии), Михаил Коровин (в дальнейшем заместитель директора горнo-геологического института Западно-Сибирского филиала АН СССР) и другие.
За период 1917-1919 гг. церковь лишилась всех подведомственных ей учебных заведений. В 1918 году Курская духовная семинария советской властью была закрыта. По-разному сложилась судьба ее воспитанников и их наставников. Многие были репрессированы и расстреляны.
Возрождение семинарии началось в 1990 году благодаря усилиям архиепископа Курского и Белгородского Ювеналия (Тарасова) (ныне - схимитрополит Ювеналий). 1 сентября семинария открыла свои двери и приняла немногочисленных питомцев. Сначала это было духовное училище с двумя отделениями - пастырским (с трёхгодичной программой обучения) и регентским (с двухгодичной программой обучения). 25 декабря 1991г. Курское духовное училище Постановлением Священного Синода и Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II было преобразовано в Курскую духовную семинарию с четырёхлетним обучением, что дало возможность увеличить число воспитанников и воспитанниц, а также открыть реставрационную мастерскую. Вскоре в семинарии открылось иконописное отделение.
В 1994 году семинария выступила учредителем Курской православной гимназии во имя преподобного Феодосия Печерского.
В 1999 г. в связи с переходом на пятилетнее обучение, семинария получила статус высшего духовного учебного заведения.
С 1990 по 2004 гг. Курской духовной семинарией руководили ныне архиепископ Белгородский Иоанн (Попов), архимандрит Варнава (Дробышев), протоиерей Михаил Шурпо, митрополит Ювеналий (Тарасов). С августа 2004 года ректором семинарии был митрополит Курский и Рыльский Герман (Моралин).
25 декабря 2014 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви новым ректором Курской духовной семинарии назначен преподаватель Московской духовной академии иеромонах Симеон (Томачинский) с возведением в сан архимандрита.
16-17 июля 2020 года решением Священного Синода июля 2020 года (журнал № 42) епископ Паисий был назначен исполняющим обязанности ректора Курской духовной семинарии. При этом вопрос о его назначении ректором было решено рассмотреть после защиты им кандидатской диссертации. 11 ноября 2021 года в Прешовском университете города Прешов (Словакия) епископ Паисий успешно защитил диссертацию на получение степени доктора теологии (ThDr), что соответствует российской степени кандидата богословия. Члены Синода постановили назначить епископа Железногорского и Льговского Паисия ректором Курской духовной семинарии.
Священным Синодом Русской Православной церкви 27 декабря 2023 года журнал №142 участники заседания постановили преобразовать Курскую духовную семинарию в Межъепархиальный центр подготовки церковных специалистов Курской митрополии.