Семинария была образована в 1787 году на базе духовной школы при Белгородском архиерейском доме для обучения детей духовного сословия. Основателем её является епископ Белоградский и Курский Феоктист (Мочульский). За 14 лет из семинарии вышло более 1000 выпускников разных классов в священнослужители, медицинскую науку, военную, статскую службу, в Харьковский университет при его основании сразу поступило 20 семинаристов. Первым ректором семинарии был игумен Белгородского Никольского монастыря Иустин. В период с 1787 по 1867 год семинарией управляли 13 ректоров. Вторым ректором в 1797 году стал иеромонах Хотмыжского монастыря Досифей, в следующем году - игумен Белгородского Николаевского монастыря Иеракс, затем в 1798 году его сменил протоиерей Иоанн Савченко. Отец Иоанн обладал великолепным проповедническим даром. Более двадцати его проповедей были отпечатаны и изданы как образцовые.