15 июля 2016 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил обязать Преосвященного епископа Костромского и Галичского Ферапонта и руководство Костромской духовной семинарии осуществить до 1 июня 2017 года необходимые преобразования в деятельности семинарии (Журнал № 62).
После 1 июля 2017 года Синод постановил вернуться к вопросу о дальнейшем функционировании Костромской духовной семинарии.
Постановления вынесены на основании рапорта Преосвященного архиепископа Верейского Евгения, председателя Учебного комитета Русской Православной Церкви, о положении дел в Костромской духовной семинарии. Рапорт составлен по итогам инспектирования семинарии со стороны Учебного комитета 27 мая 2016 года
Справка:
Священный Синод в заседании от 16 июля 2013 года (журнал № 79) в частности определил: «Высшим духовным учебным заведениям, относящимся к четвертой рейтинговой группе по результатам инспектирования Учебным комитетом, предоставить трехлетний срок для исправления ситуации, предупредив, что в отсутствии исправления может быть поставлен вопрос о лишении их статуса самостоятельных высших духовных учебных заведений». В заседании Священного Синода председатель Учебного комитета архиепископ Верейский Евгений представил доклад, в котором сообщил о ряде существенных недостатков в деятельности Костромской духовной семинарии, сохраняющихся на протяжении 2012-2016 годов.